[Windows]DataKeeper for Windowsはファイル名やディレクトリを区別しますか？

区別しません。

物理ディスク・ドライバ上位、ファイル・システム下位に位置するWindowsカーネル・モード・フィルタ・ドライバを使用して実装しているため、個々のファイルやファイル・システムそのものについては一切関知しません。ディスクへのロー書き込みだけです。

したがって、Openファイル、暗号化ファイル、ロックファイルなどファイルの種類・状態に関係なくレプリケーションすることができます。