[Windows]DataKeeper for Windowsでデータベースをレプリケーションすることはできますか？

可能です。

DataKeeperはWindowsのフィルター・ドライバーとして実装されており、ファイル・システムとデータ・ボリュームの中間に位置しています。
そのため、アプリケーションのデータが何であるかは意識しません。